As principais diferenças entre esses dois tipos de certificado são a geração e o armazenamento das chaves criptográficas. O certificado digital A1 tem o par de chaves pública/privada gerado em seu computador no momento da emissão do certificado. O certificado tipo A1 tem validade de 1 (um) ano. O certificado digital A3 oferece maior segurança, pois o par de chaves é gerado em hardware (cartão inteligente ou token) que não permite a exportação ou qualquer outro tipo de reprodução ou cópia da chave privada. Com o dispositivo criptográfico (smartcard ou token) você pode transportar a sua chave privada de maneira segura, podendo utilizá-la onde você desejar.

Não. O certificado digital do tipo A3 tem as chaves criptográficas geradas e armazenadas em um dispositivo criptográfico (smartcard ou Token), as quais não podem ser exportadas para outro dispositivo.

O certificado e-CNPJ é destinado a qualquer pessoa jurídica (Empresas, Corporações, Instituições) cuja a sua situação cadastral junto a RFB esteja ativa. O e-CNPJ foi concebido para a comunicação eletrônica entre pessoas fí­sicas e a Receita Federal Brasileira. Já o NF-e foi criado especialmente para emitir as notas fiscais eletrônicas e atribuir ao funcionário responsável de sua organização a alçada necessária e restrita para emissão e gerenciamento das notas fiscais eletrônicas.